Sau khi Rajiv Gandhi bị ám sát, đảng Quốc Đại được đặt dưới quyền lãnh đạo của thủ tướng P.V. Narasimha Rao. Sau thất bại trong cuộc tổng tuyển cử năm 1996, quyền lãnh đạo đảng về tay Sitaram Kesri, một chính trị gia lão thành gắn bó với Indira Gandhi. Suốt trong giai đoạn này, Sonia cố giữ bà và các con đứng bên ngoài chính trường vì không muốn lặp lại số phận thảm khốc của chồng và nhạc mẫu.

Trong khi ấy, nhiều đảng viên trung thành luôn mong đợi sự xuất hiện của một thành viên thuộc Gia tộc Nehru-Gandhi trong cương vị lãnh đạo đảng. Dần dà, Sonia Gandhi chịu thuyết phục để tham gia tích cực vào các hoạt động của Đảng Quốc Đại, chẳng bao lâu bà thấy mình đang ở ngay trung tâm quyền lực, buộc Kersi phải từ chức và nắm giữ chức vụ chủ tịch năm 1998 trong sự đồng thuận của đảng.

Giai đoạn kế tiếp chứng kiến sự gia tăng ảnh hưởng của Sonia Gandhi trên chính trường. Trong cuộc tổng tuyển cử toàn Ấn năm 2004, bà được đề cử tranh chức thủ tướng, đảng Quốc Đại và các đồng minh là nhóm lớn nhất tại Lok Sabha (Hạ viện) với sự ủng hộ của những đảng Cộng sản từ bên ngoài. Lúc đầu, mọi thành phần trong liên minh và các đảng Cộng sản đều chấp nhận bà cho chức vụ thủ tướng. Song đảng BJB và một vài nhóm Hindu bảo thủ tổ chức những cuộc tuần hành trên toàn quốc phản kháng việc một người nước ngoài đảm nhiệm chức vụ thủ tướng.

Ngày 18 tháng 5 năm 2004, Sonia Gandhi từ chối chức thủ tướng và đề cử Tiến sĩ Manmohan Singh. Cũng trong kỳ bầu cử này, con trai của bà, Rahul Gandhi, đắc cử vào quốc hội, đại diện cho thế hệ thứ năm của Gia tộc Nehru-Gandhi bước vào chính trường Ấn Độ. Cô con gái, Priyanka Vadra Gandhi, không ra tranh cử nhưng tham gia vận động cho đảng. Nhiều nhà lãnh đạo và những người ủng hộ bày tỏ sự hậu thuẫn dành cho Priyanka vào vị trí lãnh đạo đảng nếu cô chấp nhận cuộc đời hoạt động chính trị.